胎儿室间隔缺损应做以下处理：首先要建议做染色体检查以明确胎儿染色体是否正常。在怀孕中期若彩超发现胎儿室间隔缺损，需进一步做胎儿心脏彩超来测量室间隔缺损程度。
一、若为小缺损，通常对胎儿影响较小，此时要做羊水穿刺关注染色体情况。若染色体正常，则建议每月复查胎儿心脏彩超，留意室间隔缺损的变化程度。胎儿出生后要到心脏外科咨询，可能需通过手术进行纠正。同时，要做详细的胎儿三维彩超，查看胎儿其他脏器是否同时存在畸形。
二、对于特别严重的室间隔缺损且伴有明显染色体异常的情况，建议终止妊娠放弃胎儿，因为这类胎儿出生后很难纠正，预后不佳。
总之，当发现胎儿室间隔缺损时，要全面评估，包括染色体检查、心脏彩超检查等，根据具体情况采取相应的措施，以保障胎儿和孕妇的健康。