结肠炎并没有绝对的“特效药”，治疗需根据类型等选择合适药物。比如溃疡性结肠炎常用氨基水杨酸制剂等，如柳氮磺吡啶，一般需规范用药疗程较长。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是治疗轻、中度溃疡性结肠炎的常用药物，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制前列腺素合成，减轻炎症反应。一般成人初始剂量一日2 - 3g，分3 - 4次口服。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。美沙拉嗪可直接作用于肠道炎症部位，局部发挥抗炎作用。缓释片成人一般一次0.5 - 1g，一日3 - 4次；灌肠剂则用于直肠型结肠炎，每晚睡前灌肠1次，一次1g左右。
糖皮质激素类
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度溃疡性结肠炎患者可使用。一般初始剂量为一日40 - 60mg，分3 - 4次口服，病情控制后逐渐减量。但长期使用可能会有副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松琥珀酸钠： 对于重度溃疡性结肠炎急性发作期，可采用静脉给药。一般剂量为一日200 - 300mg，分2 - 3次静脉滴注，病情稳定后可逐渐改为口服糖皮质激素并过渡到氨基水杨酸制剂维持治疗。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性活动性溃疡性结肠炎患者。一般成人剂量一日1.5 - 2.5mg/kg，分1 - 2次口服。用药期间需定期监测血常规、肝功能等，因为可能会引起骨髓抑制、肝损害等不良反应。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于溃疡性结肠炎的治疗。剂量一般为一日1 - 2.5mg/kg，分1 - 2次口服。同样需要密切监测血常规等指标，注意可能出现的血液系统和肝脏方面的不良反应。
生物制剂类
英夫利西单抗： 对于重度难治性溃疡性结肠炎患者可考虑使用。一般是在第0、2、6周时静脉输注，剂量为5mg/kg，之后每隔8周输注一次。但生物制剂价格相对较高，且可能会有感染等风险，使用前需评估患者感染等情况。