多系统萎缩目前尚无特效治愈方法，主要是对症治疗。一般来说，药物治疗方面，对于自主神经功能障碍，可使用米多君等药物改善直立性低血压；对于帕金森综合征表现，可应用左旋多巴等药物缓解症状，但效果可能有限。
药物对症治疗
自主神经功能障碍用药： 米多君可用于改善多系统萎缩患者出现的直立性低血压情况，它能通过作用于血管，使血管收缩，升高血压。帕金森综合征表现用药： 左旋多巴对于多系统萎缩患者出现的帕金森样症状有一定缓解作用，能补充脑内多巴胺含量，改善运动迟缓等症状，但部分患者疗效可能不如原发性帕金森病患者显著。
康复训练辅助
平衡功能训练： 多系统萎缩患者容易出现平衡障碍，可进行站立训练，每天分多次进行，每次站立几分钟，逐渐增加时间，同时配合身体左右倾斜、前后晃动等训练，帮助提高平衡能力。呼吸功能训练： 患者可能会出现呼吸功能相关问题，可进行缩唇呼吸训练，吸气时用鼻子缓慢吸气，呼气时嘴唇缩成吹口哨状缓慢呼气，每次训练10 - 15分钟，每天3 - 4次，有助于改善呼吸功能。
生活照护要点
饮食方面： 保证患者摄入均衡营养，对于有吞咽困难的患者，要给予糊状或软食，避免过硬食物导致呛咳。每天保证足够的水分摄入，一般建议每天饮水1500 - 2000毫升左右，但要注意避免一次性大量饮水。体位调整： 对于有直立性低血压的患者，在起床、站立时要缓慢进行，可先在床上坐一会儿再慢慢起身，起床后可先站立片刻再行走，睡觉时可将床头抬高15 - 30度，帮助减轻起床时的低血压症状。