胎儿透明隔偏小可能由多种原因引起。一般来说，胎儿透明隔偏小可能与先天性发育因素有关，比如在胚胎发育过程中某些环节出现异常，导致透明隔的发育未达到正常的大小标准。
先天性发育因素方面
遗传因素影响： 如果父母双方存在某些与神经系统发育相关的基因异常，可能会遗传给胎儿，影响胎儿透明隔的正常发育。例如，一些单基因遗传病可能会干扰胚胎时期神经系统结构的形成，其中就包括透明隔的发育过程。胚胎发育早期干扰： 在怀孕早期，也就是胚胎发育的关键时期，如果受到外界不良因素的影响，像孕妇感染某些病毒，如风疹病毒等，病毒可能通过胎盘影响胎儿神经系统的发育，进而导致透明隔偏小。另外，孕妇接触有害化学物质，如某些农药、工业污染物等，也可能干扰胚胎的正常发育，使得透明隔的发育出现异常。
染色体异常相关
常见染色体异常情况： 当胎儿存在染色体异常时，比如21 - 三体综合征（唐氏综合征）等染色体数目异常的情况，常常会伴随神经系统结构的发育异常，其中就可能包括透明隔偏小。染色体结构的异常，如染色体片段的缺失、重复等，也可能影响透明隔的正常发育形成，导致其偏小。
其他可能因素
宫内环境因素： 孕妇在孕期的营养状况也可能对胎儿透明隔发育有影响。如果孕妇严重营养不良，尤其是缺乏某些对神经系统发育重要的营养素，如叶酸等，可能会影响胎儿透明隔的正常发育。还有孕妇的生活方式，如长期吸烟、酗酒等，烟草中的尼古丁和酒精等成分可能通过胎盘影响胎儿发育，增加透明隔偏小的风险。