生殖器疱疹目前无法完全根治，但通过规范治疗可以控制发作频率和减轻症状。例如，经过积极治疗，部分患者可以做到数月甚至数年不复发。
治疗的常用方法
抗病毒药物：阿昔洛韦是常用的抗病毒药物，能抑制病毒DNA合成，从而发挥抗病毒作用，可减轻生殖器疱疹的症状和缩短病程。伐昔洛韦也是常见的药物，其生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，疗效也较好。泛昔洛韦：同样属于抗病毒药物，能有效抑制疱疹病毒的复制，对生殖器疱疹的治疗有一定效果。
日常护理要点
保持局部清洁：要每天用清水清洗生殖器部位，保持局部的清洁干燥，防止继发细菌感染。清洗时动作要轻柔，避免损伤局部皮肤。避免抓挠：患病部位可能会有瘙痒感，但一定要避免用手抓挠，因为抓挠可能会导致水疱破裂，引起感染扩散，还可能加重病情。注意休息：患病期间要保证充足的睡眠，让身体得到充分休息，有助于提高机体免疫力，促进病情恢复。一般建议每天保证7~8小时的睡眠时间。
生活方式调整
增强免疫力：平时要注意均衡饮食，多摄入富含蛋白质、维生素的食物，像瘦肉、鸡蛋、新鲜的蔬菜水果等。还要适当进行体育锻炼，每周可以进行3~5次有氧运动，每次30分钟左右，如快走、慢跑等，以增强身体免疫力，降低生殖器疱疹的复发几率。避免高危性行为：生殖器疱疹主要通过性接触传播，所以要避免高危性行为，固定性伴侣，使用安全套可以在一定程度上降低感染风险，但不能完全杜绝。定期复查：患者要按照医生的要求定期复查，以便医生了解病情的恢复情况，及时调整治疗方案。一般建议每隔1~2个月复查一次。