第二磨牙疼的原因包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎、急性龈乳头炎等，不同原因有不同处理方法。具体如下：
一、龋齿：这是在多种因素共同作用下，牙体硬组织出现的进行性破坏性疾病。当第二磨牙有龋坏时，因牙本质小管暴露，受到物理或化学刺激便会引发疼痛。其治疗首先要去除变质的牙体组织，然后可运用光固化树脂、银汞合金等牙科材料进行修补。若龋坏程度较深，还需先用氧化锌丁香油酚安抚神经，观察约两周无异常后再修补牙齿。
二、牙髓炎：是牙髓组织的炎症性疾病，多由龋源性因素引起，也可能因牙齿外伤、牙周炎等导致。牙髓腔内压力增大，会出现自发痛、夜间痛、冷热刺激痛等症状。需通过根管治疗来消除感染组织以止痛，同时可采用直接盖髓术、间接盖髓术来保留牙髓。
三、根尖周炎：是患牙根尖周的感染性疾病，多数由牙髓腔内感染扩散至根尖周引起。患牙疼痛显著，咬合食物时疼痛加剧，且松动度增加、有浮起感。治疗上要开髓引流，并配合使用阿莫西林胶囊、甲硝唑片等抗菌药物，待炎症消除后进行根管治疗。
四、急性龈乳头炎：是个别牙龈乳头部位的急性非特异性炎症，与牙龈乳头受到机械或化学刺激有关。炎症会使牙龈乳头红肿、疼痛，有时还会有自发痛和冷热刺激痛。治疗需去除局部刺激物，如牙菌斑、嵌塞的食物等，然后用复方氯己定含漱液进行局部冲洗。
总之，第二磨牙疼要根据具体病因选择合适的治疗方法。