滴虫性龟头炎主要通过药物治疗，一般采用硝基咪唑类药物效果较好。例如甲硝唑就是常用的治疗药物之一，它能抑制滴虫的生长繁殖。
药物治疗选择
甲硝唑： 属于硝基咪唑类药物，可抑制滴虫的DNA合成，从而发挥杀灭滴虫的作用。一般可口服甲硝唑片来进行治疗。替硝唑： 也是硝基咪唑类药物，同样对滴虫有抑制和杀灭作用，也可以通过口服的方式用于滴虫性龟头炎的治疗。
局部治疗方式
清洗患处： 可以用0.5%醋酸溶液或1:5000高锰酸钾溶液等对龟头部位进行清洗，每天清洗1 - 2次，能起到一定的清洁和抑制滴虫的作用。清洗时要注意动作轻柔，避免损伤龟头皮肤。外用药物涂抹： 可以使用甲硝唑凝胶等外用药物涂抹在龟头患处，直接作用于滴虫，帮助减轻炎症和杀灭滴虫。涂抹前要先清洁龟头，保持局部干燥后再涂抹药物。
治疗期间的注意事项
避免性生活： 在治疗滴虫性龟头炎期间，一定要避免性生活，因为滴虫可以通过性接触传播，不仅会影响自身的治疗效果，还可能传染给性伴侣。内裤消毒： 患者的内裤要进行严格消毒，可以用开水烫洗内裤，然后在阳光下暴晒，因为滴虫在外界环境中也有一定的存活能力，通过消毒内裤能减少再次感染的风险。性伴侣同时治疗： 滴虫性龟头炎往往是通过性接触传播的，所以性伴侣也需要同时进行检查和治疗，否则即使自身治愈了，也可能会通过性生活再次被感染。