甲沟炎的治疗药物选择需根据病情轻重来定。一般轻度甲沟炎可以用莫匹罗星软膏等外用抗生素药膏，大约1 - 2周可能会有改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌的生长繁殖。对于轻度的甲沟炎，表现为局部轻度红肿、疼痛，没有明显化脓时，可以涂抹莫匹罗星软膏。它通过干扰细菌体内蛋白质的合成来发挥杀菌作用，使用时要清洁患处后薄涂于感染部位及周围皮肤。夫西地酸乳膏： 也是常用于治疗甲沟炎的外用抗生素。它对引起甲沟炎常见的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。涂抹时同样要注意清洁患处，然后将药膏均匀涂抹在感染处，一般一天使用2 - 3次。
具有消肿止痛作用的中成药外用药
如意金黄散： 可以用醋或白酒调成糊状后外敷在甲沟炎患处，有消肿止痛、清热解毒的功效。对于甲沟炎初期有红肿疼痛的情况有一定缓解作用。使用时要注意调制的糊状不宜过稀或过稠，敷用面积要超过炎症范围。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消肿、消炎、防腐的作用。当甲沟炎局部有红肿、疼痛且有化脓趋势时，可以使用鱼石脂软膏。它可以促使炎症局限，帮助脓液排出。使用时要均匀涂抹在患处，注意如果皮肤有破损则不宜使用。
严重情况的辅助用药
如果甲沟炎比较严重，出现明显的化脓、红肿范围扩大等情况，可能还需要口服抗生素辅助治疗，比如头孢类抗生素（但具体使用需遵医嘱，不能自行盲目服用）。不过口服抗生素一般是在外用药物效果不佳，感染有扩散趋势时才考虑使用。同时，对于嵌甲引起的甲沟炎，可能还需要进行纠正嵌甲的处理，单纯用药可能不能完全解决问题，比如需要通过修剪指甲、纠正穿鞋习惯等方式来预防嵌甲复发从而减少甲沟炎的发生。