怀孕40天同房不一定会有不良后果，具体要依据实际情况来综合判断。若孕妇无不适症状，通常无大碍；若孕妇出现不适症状，则可能有问题，需立刻就医处理。
一、不会有事的情况：
1.怀孕40天处于孕早期，此时胚胎发育尚不太稳定，同房可能引发子宫收缩，有导致先兆流产的风险，所以一般不建议此时期同房。
2.当孕妇怀孕40天同房后，未出现腹部疼痛、阴道出血等情况，通常就不会有事，不必过度紧张，但后续要避免再次同房。
二、会有事的情况：
1.若同房时动作剧烈，且同房后出现阴道出血、腹部疼痛等症状，有可能是发生了先兆流产。
2.若不及时进行保胎治疗，很可能导致胎儿流产，这种情况下怀孕40天同房就可能有问题。出现先兆流产现象后，患者应立即前往医院急诊或妇产科就诊，遵医嘱服用保胎药物，如黄体酮胶囊、保胎丸等。
总之，怀孕40天同房后要密切关注自身状况，根据不同情况采取相应措施。