乳房囊肿的成因较为复杂，主要与内分泌紊乱、乳腺结构不良以及外伤等因素有关。其中内分泌紊乱是比较常见的原因，约有30% - 50%的乳房囊肿患者与体内激素水平失衡相关。
内分泌紊乱相关因素
激素比例失调： 女性体内雌激素水平相对过高，孕激素水平相对不足时，就容易引发乳房囊肿。比如在月经周期中，激素波动较大的阶段，这种比例失调的情况更易出现。女性在青春期、孕期、哺乳期或围绝经期，体内激素变化明显，此时发生乳房囊肿的几率相对更高。垂体功能异常： 垂体分泌的一些激素如果出现异常，也会影响乳房的正常生理状态。例如垂体泌乳素瘤患者，泌乳素水平升高可能会干扰乳房的激素平衡，增加乳房囊肿发生的可能性。
乳腺结构不良导致
乳腺导管异常： 乳腺导管如果发生扩张、迂曲等结构不良情况，就容易形成囊肿。导管内的分泌物排出不畅，逐渐积聚，就会形成囊性的结构。一般来说，有乳腺增生病史的女性，乳腺结构不良的概率相对较大，进而增加乳房囊肿的发病风险。腺泡异常： 乳腺腺泡的发育或功能出现异常，也可能引发乳房囊肿。腺泡分泌的物质不能正常排出，堆积在局部就可能形成囊肿。一些长期有乳腺局部不适的女性，要警惕乳腺结构不良引发乳房囊肿的可能。
外伤等其他因素
胸部外伤： 胸部受到外力撞击等外伤时，可能会导致乳腺组织损伤，引起局部出血、渗出，进而形成囊肿。比如运动时胸部受到碰撞，或者意外摔倒撞到胸部等情况，都可能引发乳房囊肿。有胸部外伤史的人群，要留意乳房是否出现异常变化。其他因素： 长期服用某些药物也可能与乳房囊肿的形成有关，不过这种情况相对较少见。还有一些全身性的疾病，虽然与乳房囊肿的直接关系不明确，但可能通过影响身体的整体内分泌等状况间接导致乳房囊肿的发生。