儿童有口腔溃疡的原因较多，比如约20%的儿童口腔溃疡可能与病毒感染有关，像疱疹性口炎就是由单纯疱疹病毒引起，会让口腔黏膜出现多个小溃疡。
局部创伤因素
分点1：意外咬伤：儿童在玩耍、进食时，容易不小心咬伤口腔黏膜，比如啃咬较硬的食物时，就可能导致口腔黏膜破损形成溃疡，这种情况在学龄前儿童中较为常见。分点2：刷牙损伤：儿童刷牙时如果用力不当，也可能损伤口腔黏膜引发溃疡，尤其是使用硬毛牙刷且刷牙方法不正确时，更易出现这种情况。
营养缺乏因素
分点1：维生素缺乏：当儿童体内缺乏维生素B₂、维生素C等时，容易引发口腔溃疡。例如，长期挑食、偏食的儿童，很可能出现维生素摄入不足的情况，进而增加口腔溃疡的发生风险。一般来说，5 - 12岁儿童每天需要摄入一定量的维生素B₂和维生素C来维持口腔黏膜健康。分点2：微量元素缺乏：锌等微量元素缺乏也与儿童口腔溃疡有关。锌参与人体多种代谢过程，对维持口腔黏膜的正常结构和功能有重要作用，儿童锌摄入不足时，就可能更容易长口腔溃疡。
免疫系统因素
分点1：自身免疫反应：如果儿童自身免疫系统出现异常，可能会攻击自身的口腔黏膜组织，引发口腔溃疡。比如一些患有自身免疫性疾病的儿童，相对更容易出现口腔溃疡的症状。分点2：免疫力低下：当儿童身体免疫力低下时，容易受到病原体侵袭，也容易发生口腔溃疡。比如感冒发烧后，儿童身体抵抗力下降，就可能出现口腔溃疡。