脑干梗塞的治疗需要综合多方面措施，一般发病后要尽快就医，在发病4.5小时内符合条件的可考虑溶栓治疗，常用药物有阿替普酶等。
急性期治疗方式
溶栓治疗： 如果患者在发病4.5小时内，且符合溶栓指征，可使用阿替普酶进行静脉溶栓，能使堵塞的血管再通，改善脑部血液循环。但溶栓有严格的时间窗和适应证、禁忌证要求，需医生精准评估。抗血小板聚集治疗： 常用药物有阿司匹林，它可以抑制血小板的聚集，防止血栓进一步形成，有助于改善脑部的血液供应。一般在溶栓等治疗基础上，病情稳定后可使用。
改善脑循环治疗
扩张血管药物： 比如丁苯酞，它能改善脑缺血区的微循环和血流量，促进侧支循环的建立，对脑梗塞的治疗有一定帮助。通过改善脑循环，为受损的脑组织提供更多的血液和氧气供应。清除自由基药物： 像依达拉奉，它可以清除脑内的自由基，减轻脑缺血再灌注损伤，保护神经细胞，对脑干梗塞患者的神经功能恢复有一定益处。
控制基础疾病
高血压控制： 如果患者有高血压，需要积极控制血压。一般将血压控制在140/90mmHg以下，但要注意不能降得过低，以免影响脑部灌注。通常会根据患者具体情况选用合适的降压药物，如硝苯地平缓释片等，使血压平稳达标。糖尿病管理： 对于合并糖尿病的脑干梗塞患者，要严格控制血糖。可通过饮食控制、运动以及药物治疗（如胰岛素等）将血糖控制在合理范围，一般空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右，以减少高血糖对血管和神经的进一步损害。