自然流产指的是自然状态下发生的流产，临床认为与胎儿发育不全、染色体异常等有关。而判断自然流产后是否流干净可通过以下方式：
一、出血时间。自然流产后阴道会出现出血现象，通常出血时间持续一到两周，若超出此时间仍有出血，可能存在宫内残留情况，需进一步检查和处理。因为流产后子宫会通过收缩来排出残留组织和积血，如果出血时间过长，往往提示子宫收缩不良或有残留组织未排出，影响子宫的恢复。
二、抽血化验HCG的数值。流产后，体内HCG的数值会迅速下降，一般三周左右可恢复正常。要是流产后HCG数值下降缓慢或有增长趋势，那就表明没有流干净。HCG是由胎盘分泌的一种激素，流产后随着胎盘的排出，HCG数值会大幅降低。如果数值异常，说明可能还有妊娠相关组织残留。
三、彩超检查。这是最为直观的一种方法，在彩超下能看到宫内是否有残留组织，若有残留则说明没流干净，需要进一步采取措施。彩超可以清晰地显示子宫的形态、大小以及宫内的情况，准确判断是否有残留组织存在。
总之，通过观察出血时间、检测HCG数值和进行彩超检查，能较为准确地判断自然流产后是否流干净，以便及时采取相应的处理措施，促进子宫的良好恢复。