54岁停经两年又来月经，多考虑是由萎缩性阴道炎引起，也可能是子宫内膜息肉、宫颈息肉等原因导致。
一、萎缩性阴道炎：
卵巢功能减退会使体内雌激素水平下降，进而引发该病症。其症状表现为外阴瘙痒，阴道分泌物呈脓血性等。治疗上可遵医嘱使用诺氟沙星栓、雌三醇乳膏等药物，同时平时要特别注意保持阴道部位清洁，勤换内裤。
二、子宫内膜息肉：
雌激素水平过高或者炎症刺激可促使子宫内膜增厚并出现息肉，从而引起子宫异常出血、停经后阴道出血等状况。治疗方法可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、左炔诺孕酮片等药物，若药物效果不佳，可在医院通过刮宫术等手术方式治疗，术后要保持清淡饮食，避免食用辣椒、洋葱等辛辣刺激类食物。
三、宫颈息肉：
宫颈部位组织增生可形成局限性赘生物，导致阴道出血、白带增多等症状。可在医生指导下采取息肉摘除术、宫颈锥切术等手术方式，对于较大的息肉，摘除后还需通过电灼、激光等物理治疗方式处理息肉根部。术后要做好个人卫生以防感染，同时要注意充分休息，不可过度劳累。
此外，也可能是子宫肌瘤等原因引起，需及时到医院检查，明确病因后在医生指导下进行针对性治疗。
总之，54岁停经两年又来月经的原因多样，应根据具体情况进行相应的诊断和治疗。