阴茎上面皮肤长小水泡一般由以下原因引起：
一、阴囊湿疹：阴茎上面皮肤出现小水泡可能是阴囊湿疹导致。这主要是因为患者局部接触到过敏原，从而使局部皮肤产生过敏反应。对此种情况，一般建议患者在医生指导下可使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物来进行治疗。莫匹罗星软膏对多种细菌有抑制作用，能缓解局部的炎症反应；夫西地酸乳膏可用于治疗由敏感菌引起的皮肤感染，能减轻湿疹症状。
二、生殖器疱疹：上述症状也有可能是患者感染带状疱疹病毒所造成。此时会致使局部出现小水泡，还伴有瘙痒、破溃、出血等不良状况。通常建议患者在医生指导下使用泛昔洛韦、阿昔洛韦等抗病毒药物进行医治。泛昔洛韦可以抑制病毒的复制，阿昔洛韦对带状疱疹病毒有较好的抗病毒效果。
三、包皮龟头炎：上述症状还有可能是患者患上包皮龟头炎引起的。患者患有包皮龟头炎后，主要表现为包皮红肿、灼痛，严重时就会出现这种不良情况，并且可能有脓性分泌物从包皮口流出。一般建议患者在医生指导下使用庆大霉素、卡那霉素等药物进行治疗。庆大霉素具有较强的抗菌作用，能有效应对感染；卡那霉素能抑制细菌的生长繁殖。
总之，当阴茎上面皮肤出现小水泡时，应及时就医，明确病因后在医生的指导下选择合适的药物进行治疗。