灰指甲是由皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下所引起的疾病，治疗灰指甲没有所谓的“小妙招”，正规治疗很重要。一般可以通过局部用药、系统用药以及手术等方法来治疗。
局部用药选择
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部抗真菌药，每周使用1 - 2次，能在甲板表面形成药膜，抑制真菌生长。不过使用时要注意，涂药前需将病甲尽量修薄，这样能提高药物的渗透性，但要避免损伤周围皮肤。环吡酮胺乳膏：对于轻度的灰指甲可以尝试使用，每天涂抹2次，持续使用较长时间，一般需要数月，要坚持用药才能看到效果。使用时要均匀涂抹在病甲及周围皮肤，若用药部位出现红肿、瘙痒等不适要及时停药。
系统用药情况
伊曲康唑胶囊：是一种口服抗真菌药，采用冲击疗法，即冲击治疗时每天服用2次，每次2粒（0.2g），连服7天为一个疗程。停药3周后开始第二个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过使用前要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬片：也是口服抗真菌药，一般每天服用250mg，连续服用12 - 16周，指甲感染需要的疗程相对短些，趾甲感染疗程稍长。同样，用药前也要检查肝功能，孕妇及哺乳期妇女要避免使用。
手术治疗方式
拔甲术：如果灰指甲情况较严重，病甲较多，可考虑拔甲术。但拔甲后要注意伤口的护理，防止感染，而且拔甲后新长出来的指甲也需要一段时间恢复，并且拔甲后仍有复发的可能，术后还需要配合抗真菌药物治疗。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲在潮湿的环境中容易加重，所以要经常换袜子，选择透气的鞋子，让脚部保持干燥，尤其是在运动后要及时更换潮湿的袜子和鞋子。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时自己的鞋袜也要定期消毒，可以用暴晒或者使用消毒剂浸泡的方法来消毒。