龟头流脓且小便刺痛，这可能是由尿道炎、淋病、龟头炎所导致，可通过药物方式治疗。
一、尿道炎：尿道炎可能因细菌或支原体感染而引发。其症状表现为小便刺痛，尿道口有脓液流出。治疗时需遵医嘱使用左氧氟沙星片、阿奇霉素片等药物。比如左氧氟沙星片，具有抗菌消炎的作用，能有效对抗细菌感染；阿奇霉素片对支原体等病原体有抑制效果。
二、淋病：淋病一般由淋球菌感染引起，还可通过性生活传播。男性通常会出现尿道口灼热、排尿疼痛，尿道口也会有脓性分泌物。可采用头孢曲松、大观霉素等药物进行医治。像头孢曲松可有效杀灭淋球菌，从而缓解症状；大观霉素在淋病治疗中也有较好的效果。
三、龟头炎：龟头炎大多是细菌感染所致，会造成龟头流脓，受小便刺激后可能引发刺痛。可以用温水清洗，同时外用红霉素软膏以及莫匹罗星软膏。红霉素软膏能起到抗菌消炎的作用，有助于改善龟头炎症；莫匹罗星软膏对于杀灭细菌有一定帮助。
总之，当出现龟头流脓并小便刺痛的情况时，应及时就医明确病因，并在医生指导下选择合适的药物进行治疗。同时要注意个人卫生，避免不洁性行为。