早上起来牙齿酸痛，可能是由牙本质过敏症、楔状缺损、牙周炎等疾病引起，要依据具体情况给予针对性处理。具体如下：
一、牙本质过敏症：
1.牙体硬组织因磨耗、磨损等因素，使牙釉质完整性遭破坏致牙本质暴露，早晨口腔接触冷空气，会刺激牙本质而出现牙齿酸痛现象。同时，牙受到酸甜刺激、机械作用（如摩擦、咬硬物等）也会引发酸痛症状。
2.治疗时，先应充填覆盖暴露的牙本质；其次，可使用氟化钠甘油反复涂擦敏感区1至2分钟，或使用脱敏牙膏刷牙；若牙本质暴露严重，可采用树脂充填法恢复牙齿形态以消除牙本质过敏症状。
二、楔状缺损：
1.主要病因是长期用力横向刷牙，导致唇颊侧牙颈部硬组织逐渐丧失，致使牙本质暴露，牙本质敏感性增强，遇冷热刺激会诱发疼痛，早上口腔开始接触外界冷空气就会有牙齿酸痛情况。
2.治疗方面，调整咬合关系、改进刷牙方法（如教授巴氏刷牙法并搭配使用牙线）是防治楔状缺损的关键。若楔缺较轻，可在缺损处涂抹氟化钠甘油等进行脱敏；若楔状缺损较严重，则需进行树脂充填以修补缺失组织。
三、牙周炎：
1.是牙龈炎症向深层牙周组织扩展形成的，病理变化仍以炎症为主，也可出现牙龈和牙槽骨的萎缩改变。当牙龈和牙槽骨萎缩致牙根暴露于口腔时，遇冷热刺激会使牙本质敏感度升高，早上起床接触冷空气或喝冷热水时会诱发牙齿酸痛。
2.治疗需根据病情发展程度而定，治疗周期较长。轻症者经2至8周治疗可治愈或好转，重症者病程可达十余年甚至数十年。常见治疗为采用牙齿洁治术去除菌斑结石，然后局部用过氧化氢溶液或醋酸氯己定溶液冲洗，最后行牙周夹板固定术固定松动牙。若牙齿酸疼症状明显，可采用脱敏牙膏或局部涂氟进行脱敏治疗以缓解牙齿酸软症状。同时要嘱咐患者定期复查以防止牙周炎进一步发展。
总之，早上起来牙齿酸痛的原因多样，应明确具体病因后采取针对性的措施进行治疗和处理。