甲状腺炎的引发原因较多，自身免疫因素是常见的一大类。比如自身免疫性甲状腺炎，约有10% - 15%的人群可能存在自身免疫相关的遗传易感性，使得自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，从而引发甲状腺炎。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 除了遗传易感性外，一些自身免疫性疾病如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等患者，发生甲状腺炎的风险会增高。这是因为这些疾病的患者体内免疫系统处于紊乱状态，容易波及甲状腺。
感染因素导致
病毒感染： 例如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等感染。据统计，约有1/3的亚急性甲状腺炎患者在发病前1 - 3周有上呼吸道感染史。当人体感染这些病毒后，病毒可能会引发甲状腺的免疫反应，导致甲状腺组织受损，引发甲状腺炎。
放射性损伤引起
放射性治疗相关： 头颈部接受过放射性治疗的人群，患甲状腺炎的风险增加。比如因淋巴瘤等疾病接受颈部放疗后，甲状腺组织受到射线影响，细胞功能受损，进而引发甲状腺炎。一般在放射性治疗后数月至数年可能逐渐出现甲状腺炎的相关症状。