口舌生疮可以根据不同病因选择合适的药物，一般来说，常见治疗口舌生疮的药物有维生素类药物等。比如维生素B₂片，可用于预防和治疗维生素B₂缺乏症，如口角炎、唇干裂、舌炎、阴囊炎、结膜炎、脂溢性皮炎等，对因缺乏维生素B₂引起的口舌生疮有一定作用，但通常需要连续服用数天才能看到效果。
维生素类药物缓解
维生素B₂：当人体缺乏维生素B₂时可能会引发口舌生疮等症状，维生素B₂能参与体内生物氧化与能量代谢等过程。一般来说，成人每天服用量有一定范围，它可辅助改善因维生素B₂缺乏导致的口舌生疮情况，但要注意按推荐剂量服用。维生素C：维生素C具有抗氧化等作用，适当补充维生素C有助于增强机体抵抗力，对于一些因免疫力低下等因素引起的口舌生疮可能有帮助。正常饮食下一般能从食物中获取足够维生素C，但如果是严重缺乏导致口舌生疮，可能需要额外补充制剂，但也需注意不要过量服用。
清热泻火类中成药
牛黄解毒片：具有清热解毒的功效，可用于火热内盛、咽喉肿痛、牙龈肿痛、口舌生疮、目赤肿痛等情况。不过，孕妇、哺乳期妇女禁用，且不宜长期大量服用，因为其中含有雄黄等成分，长期服用可能会有潜在风险。黄连上清丸：能清热通便、散风止痛，对于风热上攻、肺胃热盛所致的头晕目眩、牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛等有一定疗效。但脾胃虚寒者慎用，服药期间忌食辛辣食物。
局部用药缓解
西瓜霜喷剂：直接喷于口舌生疮处，能起到清热解毒、消肿止痛的作用。它可以缓解口舌生疮引起的疼痛等不适症状，使用比较方便，喷的时候要注意按照正确方法使用，避免药粉吸入气管等情况。冰硼散：也是常用于口舌生疮的局部用药，有清热解毒、消肿止痛的功效。用药时同样要注意正确的使用方式，将药物适量吹敷于口舌生疮处，使用后短时间内不要进食饮水，让药物更好地发挥作用，但如果用药后症状无改善或加重，应及时就医。