性染色体异常的主要危害在于会引发性发育异常，涵盖生殖器官与第二性征的发育问题，以及对后续生育能力产生损害。具体表现如下：
一、生殖器官异常：
1.性染色体对性器官发育起决定性作用，若存在性染色体异常，可能导致先天性卵巢或睾丸发育不全，甚至出现两性畸形。比如缺少1条X染色体的Turner综合征患者，往往会有卵巢发育不良、无滤泡、原发性闭经等状况。
二、第二性征异常：
1.第二性征是身体因性激素刺激而出现的变化，性染色体异常会致使患者体内性激素水平异常，进而造成第二性征异常。例如有额外X染色体的男性Klinefelter综合征患者，其血中雌激素增多而睾酮水平下降，会表现出阴毛稀少、喉结不明显、乳房发育等现象。
三、损害生育能力：
1.由于存在生殖器官异常和体内激素异常，性染色体异常患者通常生育困难，甚至可能不具备能实现自然生育的生理结构。只有少数患者可通过长期激素治疗和辅助生殖技术来辅助生育，但多数患者难以实现生育。
四、其他危害：
1.严重的性染色体异常易引发先天性心脏病、马蹄肾等先天畸形。此外，异常的性染色体数量越多，患者出现智力障碍、免疫问题、精神疾病等健康问题的程度也会越严重。
综上所述，性染色体异常患者应及时前往医院的男科、妇科、小儿科等科室就诊，并在专业医生指导下通过激素补充、手术等方式进行治疗，比如通过手术切除体内多余睾丸组织以预防癌变，进行外阴整形手术，酌情补充相应激素以刺激性发育等，从而争取获得较好的治疗效果。