院内感染的症状因感染部位不同而有所差异。例如肺部感染的院内感染，患者可能出现发热，体温多在38℃以上，还会有咳嗽、咳痰等症状，痰液可能为脓性。
呼吸系统感染相关症状
肺部感染：除了发热、咳嗽咳痰，严重时可能出现呼吸急促，每分钟呼吸频率超过20次甚至更快。患者还可能感觉胸痛，尤其是在深呼吸或咳嗽时胸痛加剧。上呼吸道感染：常见症状有鼻塞、流涕，鼻腔分泌物增多，可能从清涕转为脓涕，同时伴有咽痛，吞咽时疼痛明显，部分人还会有轻度发热，体温一般在37.5~38.5℃之间。
泌尿系统感染相关症状
膀胱炎：主要症状是尿频、尿急，患者会频繁产生尿意，每次尿量不多，排尿时尿道有灼热感，部分人尿液外观可能发红，出现血尿情况。肾盂肾炎：除了尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激征，还会有腰痛，腰部有酸胀、疼痛的感觉，同时全身症状较明显，发热体温可高达39℃以上，伴有寒战。
手术部位感染相关症状
浅表切口感染：手术切口局部出现红、肿、热、痛，切口周围皮肤温度比正常皮肤高，有明显的压痛，严重时切口可能有脓性分泌物渗出。深部切口感染：术后一段时间（通常在术后几周内）出现切口深部的疼痛，伴有发热，体温超过38℃，切口周围组织有肿胀，可通过影像学检查发现深部组织有感染迹象，如积液等。
血液系统感染相关症状
如果是菌血症导致的院内感染，患者会突然出现高热，体温可达39.5℃以上，伴有寒战，同时可能有乏力、全身不适等症状，血液检查可发现白细胞计数明显升高，中性粒细胞比例增多。