扁桃体角化症的治疗方法需根据病情轻重等情况来定。一般来说，对于症状较轻的扁桃体角化症，可以先尝试观察随访等方式。
局部治疗方法
漱口清洁： 可以使用含漱液来保持口腔咽喉部清洁，比如常用的复方硼砂含漱液，每天可以使用3 - 4次，通过含漱能够减少口腔内细菌等的滋生，减轻局部炎症反应，对扁桃体角化症可能有一定的辅助改善作用。涂抹药物： 对于局部角化的小颗粒，可以在医生操作下用硝酸银等腐蚀性药物进行涂抹，但要注意操作规范，避免损伤周围正常组织。不过这种方法需要由专业医护人员进行，因为使用不当可能会引起不良后果。
手术治疗情况
手术指征： 当扁桃体角化症患者出现明显的咽部异物感、吞咽困难等症状，经保守治疗无效时，可考虑手术治疗。例如，患者因为扁桃体角化导致频繁感到咽部有东西卡着，严重影响生活质量，且药物等保守治疗效果不佳时，就可以考虑手术。手术方式： 一般可以选择扁桃体切除术，通过手术将扁桃体及角化的组织一并切除。不过手术也有一定风险，比如术后出血、感染等情况，但现在手术技术相对成熟，在正规医院由经验丰富的医生操作，风险可以控制在较低范围。
药物辅助治疗
抗生素使用： 如果扁桃体角化症伴有继发感染，出现咽部疼痛、红肿等炎症表现时，可能需要使用抗生素。比如对于细菌感染引起的相关炎症，可选用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，但使用抗生素需要在医生明确有细菌感染证据的情况下使用，不能自行随意应用。糖皮质激素： 在一些炎症反应较严重的情况下，可能会短期使用糖皮质激素来减轻炎症反应。例如，当咽部肿胀明显影响呼吸等情况时，可短期静脉或口服糖皮质激素，但要注意其可能带来的副作用，需严格遵循医嘱使用。