三个月宝宝消化不良可服用的药物包括醒脾养儿颗粒、枯草杆菌二联活菌颗粒、小儿胃肠道康颗粒等，用药需在医生指导下进行。
一、醒脾养儿颗粒：这是一种中成药，主要成分包含山栀茶、一点红、蜘蛛香等。其具有醒脾开胃、固肠止涩的作用，对于宝宝出现的厌食、腹泻、便溏等情况有较好的治疗效果。
二、枯草杆菌二联活菌颗粒：属于微生物制剂，含有大量益生菌。它能够有效调理宝宝的肠道菌群，助力消化，能改善宝宝吐奶、腹胀、腹泻等不适症状。
三、小儿胃肠道康颗粒：其成分有蚕沙、蝉蜕、地胆草、玉竹、甘草等。具备清热平肝、调理脾胃的功效，能调理宝宝出现的食欲不振、面色无华、腹泻等现象。
此外，还可能有其他药物，如小儿复方鸡内金散等。如果情况严重，应及时就医进行治疗。
总之，当三个月宝宝出现消化不良时，可根据具体情况选择合适的药物，但一定要在医生指导下用药，以确保治疗的安全性和有效性。