使用苦参凝胶有刺痛感可能是由于以下原因导致的：一是炎症刺激，炎症严重时会使阴道黏膜出现糜烂、肿胀、充血等状况，此时使用苦参凝胶会对黏膜损伤造成刺激，从而引起刺痛感，这属于正常现象，继续用药后刺痛感通常会逐渐缓解或消失；二是药物作用，苦参凝胶作为中成药物，在治疗妇科疾病时能起到抗菌、消炎的作用，受其药物作用可能产生刺痛感，一般无需特殊处理，可继续使用，若用药3至5天症状未缓解，则建议到医院就诊；三是过敏反应，对苦参凝胶药物成分过敏时，可能引发刺痛感，还会伴有瘙痒、红肿等症状，应立即停止用药，使用阴道冲洗剂将阴道内的药物残余冲出，并在医生指导下更换其他药物，此外，操作不当、宫颈糜烂等也可能导致使用苦参凝胶有刺痛感，若因操作不当，应在医生指导下使用，或按照说明书用法用量，推入药物时动作要缓慢轻柔，避免过于暴力。
总之，当使用苦参凝胶出现刺痛感时，要根据具体情况进行分析处理，以确保治疗安全有效。