16岁女孩月经不规律的原因主要有以下几点：
1.下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟：下丘脑释放激素、垂体促性腺激素、卵巢性激素间的反馈调节尚未成熟，导致月经周期不规则。
2.可能存在情绪波动：情绪紧张、焦虑、愤怒、忧伤等不良情绪，可能影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致月经失调。
3.生活习惯改变：如作息不规律、熬夜、过度节食、剧烈运动等，可能影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致月经失调。
4.其他：体重突然增减、剧烈运动、环境改变等，也可能影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致月经失调。
需要注意的是，一些疾病也可能导致16岁女孩月经不规律，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常等。如果女孩的月经不规律持续时间较长或伴有其他症状，如腹痛、贫血、多毛等，应及时就医，进行相关检查和治疗。同时，家长和女孩也应该注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累、紧张和焦虑，保持心情愉悦。