肉疙瘩的消除方法需根据其成因等情况而定。如果是皮肤良性肿物如脂肪瘤，较小的脂肪瘤一般无需特殊处理，若影响美观或较大的脂肪瘤可通过手术切除。
皮肤良性肿物导致的肉疙瘩处理
脂肪瘤： 是常见的良性肿瘤，由脂肪过度堆积形成。较小的脂肪瘤，直径在1厘米以内且无不适症状的，通常密切观察即可。而较大的脂肪瘤，直径超过1厘米，影响外观或有压迫感时，可通过手术切除，手术一般在局部麻醉下进行，术后恢复相对较快。皮肤纤维瘤： 通常是由皮肤损伤后修复异常引起。一般也无需治疗，若觉得影响美观或有变化，可通过手术切除。手术切除后要注意保持伤口清洁，避免感染。
病毒感染引起的肉疙瘩处理
寻常疣： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起。可以采用物理治疗，如冷冻治疗，利用低温使疣体坏死脱落，一般需要多次治疗才能完全去除。还可以选择激光治疗，通过高温烧灼疣体使其脱落。扁平疣： 也是HPV感染所致，好发于面部等部位。同样可进行冷冻或激光治疗，对于数量较多的扁平疣，还可在医生指导下外用维A酸乳膏等药物，但用药需谨慎，避免刺激皮肤。
其他原因肉疙瘩处理
皮脂腺囊肿： 因皮脂腺导管阻塞后，腺体内容物聚积而形成。较小的皮脂腺囊肿可暂时观察，注意保持局部清洁。较大的皮脂腺囊肿则需要手术切除，手术时要完整切除囊肿，否则容易复发。在手术前后都要注意避免挤压囊肿，防止感染扩散。