治疗扁平疣常用的药膏有维A酸类药膏、抗病毒类药膏等，其中维A酸乳膏比较常用，一般使用数周可能有效果，但具体效果因人而异。
维A酸类药膏：
维A酸乳膏： 通过调节表皮细胞的更新，促进表皮细胞脱落，从而达到治疗扁平疣的作用。一般需要连续使用数周才能看到一定效果。但使用时要注意，孕妇禁用，哺乳期妇女需谨慎，而且在用药部位可能会出现轻度刺激症状，如红斑、脱屑等。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与维A酸乳膏类似，能改善扁平疣的皮损状况。使用时同样要避免用于皮肤破损处，用药后要避免日光暴晒，可能也会出现局部刺激反应。
抗病毒类药膏：
咪喹莫特乳膏： 它可以刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和调节免疫的作用来治疗扁平疣。一般每周使用3次，连续使用8-12周。不过部分人使用后局部会出现红斑、糜烂等不良反应，对咪喹莫特过敏者禁用。重组人干扰素α-2b凝胶： 通过干扰病毒DNA（脱氧核糖核酸）的合成来发挥抗病毒作用，从而抑制扁平疣病毒的复制。使用时需涂于患处，每日3-4次。可能会有轻度的瘙痒、灼痛等局部反应，对干扰素过敏者禁用。
水杨酸制剂：
水杨酸软膏： 水杨酸有角质剥脱作用，能帮助去除扁平疣表面的角质层，从而改善症状。使用时要注意避免接触眼睛和其他黏膜，用药部位如有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。儿童使用时需谨慎，要在成人监护下使用。不同的药膏适用于不同情况的扁平疣患者，具体使用哪种药膏最好需要根据患者的病情、皮肤状况等综合判断，最好在医生的指导下选择合适的药物。