小孩消化不良可以使用一些药物来缓解，比如益生菌类药物。一般来说，常用的益生菌有双歧杆菌四联活菌片等，这类药物可以调节肠道菌群，帮助改善消化不良的情况。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调整肠道菌群失调，从而改善小孩消化不良引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。不过，服用时要注意用低于40℃的温水送服，以免高温杀死活菌。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面包含枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的，对小孩消化不良有一定的缓解作用。服用时可以将颗粒溶于温水或牛奶中服用。
促胃肠动力药
多潘立酮混悬液： 能促进胃肠道蠕动，使食物更快地从胃内排空，缓解小孩消化不良导致的腹胀、恶心等症状。但2岁以下小儿应慎用，必须在医生指导下使用。枸橼酸莫沙必利片（儿童剂型）： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善消化不良症状。不过儿童使用时需严格按照体重等情况由医生确定合适剂量。
助消化类药物
胃蛋白酶颗粒： 能将蛋白质分解为及胨和多肽，有助于小孩消化蛋白质类食物，改善因蛋白质消化不良引起的不适。服用时用温水冲服，且不宜与酸性药物同服。乳酶生片： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，起到帮助消化和止泻的作用，可用于小孩消化不良引起的腹胀等情况。但要注意不能与抗菌药物、吸附剂同时服用。