HPV感染早期通常没有明显症状，约70%-80%的人感染HPV后，在2年内可依靠自身免疫力清除病毒，不会引发病变。
HPV感染早期可能出现的皮肤表现
寻常疣：多表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，摸起来坚硬，常见于手部等部位，是由HPV低危型感染引起。扁平疣：一般是米粒至绿豆大小的扁平隆起性丘疹，表面光滑，颜色多为浅褐色或正常肤色，好发于面部、手背等部位，也是低危型HPV感染所致。
HPV感染早期可能出现的黏膜表现
尖锐湿疣：早期在生殖器、肛门周围等部位可能出现淡红色小丘疹，质地柔软，顶端稍尖锐，随后可逐渐增多、增大，形成乳头状、菜花状或鸡冠状赘生物，这是高危型和低危型HPV混合感染常见的表现。呼吸道乳头瘤病：婴幼儿可能出现呼吸道乳头状瘤，表现为声音嘶哑、呼吸困难等，与HPV6、11型感染有关。
HPV感染早期的自身感受
部分人感染HPV早期可能没有任何自身感受，就是在体检或因其他疾病检查时发现感染。但也有少部分人可能会有局部的轻微瘙痒、灼热等不适感觉，不过这些症状往往容易被忽视，因为不具有特异性，很可能被当作普通的皮肤或黏膜小问题。