功能性消化不良的治疗主要包括一般治疗、药物治疗等。一般来说，通过综合治疗，多数患者症状可得到改善。
一般治疗方面
生活方式调整：要注意规律作息，保证每天有充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7~8小时。还要避免过度劳累，保持心情舒畅，压力过大可能会加重功能性消化不良的症状。另外，要养成良好的饮食习惯，定时定量进餐，避免暴饮暴食，尽量少吃辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等。运动锻炼：适当进行运动有助于促进胃肠蠕动，改善消化功能。可以选择适合自己的运动方式，比如每天进行30分钟左右的快走，每周坚持3~5次。不过，运动要循序渐进，避免一开始就进行剧烈运动。
药物治疗方面
促胃肠动力药：常用的有多潘立酮，它可以促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。还有莫沙必利，也能增强胃肠动力，改善消化不良相关症状。抑酸剂：对于有反酸、烧心等症状的患者，可以使用抑酸剂。像质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激；H₂受体拮抗剂如雷尼替丁，也可起到抑制胃酸的作用。但使用抑酸剂时要注意，不要长期大剂量使用，以免引起一些不良反应。助消化药：比如复方消化酶胶囊，含有多种消化酶，能帮助消化食物，改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等情况。还有乳酶生，是一种传统的助消化药，能在肠道内分解糖类产生乳酸，使肠内酸度增高，抑制肠内腐败菌的生长繁殖，改善消化不良。
心理治疗方面
如果功能性消化不良与心理因素密切相关，如长期处于焦虑、抑郁状态等，可能需要进行心理治疗。可以通过心理咨询，让患者正确认识疾病，缓解心理压力。必要时，还可以在医生的指导下使用一些抗焦虑、抑郁的药物辅助治疗，但这类药物的使用要严格遵循医嘱。