高同型半胱氨酸血症主要由多种因素引起。一般来说，约有50% - 70%的高同型半胱氨酸血症是由遗传因素导致的，比如相关代谢酶的基因缺陷等。
营养因素相关
维生素缺乏： 当体内缺乏维生素B6、维生素B12或叶酸时，会影响同型半胱氨酸的代谢。例如，长期饮食中摄入富含维生素B6、B12和叶酸的食物不足，像一些长期偏食、素食者如果不注意补充，就容易出现这种情况。一般正常成年人每天需要摄入叶酸约400微克，维生素B12约2.4微克，维生素B6约1.3 - 1.7毫克等。甲硫氨酸摄入过多： 如果日常饮食中摄入过多富含甲硫氨酸的食物，比如大量食用肉类、蛋类等，甲硫氨酸在体内代谢产生同型半胱氨酸的量就会增加，从而可能引发高同型半胱氨酸血症。
疾病因素相关
肾脏疾病： 肾脏是同型半胱氨酸代谢的重要器官之一，患有慢性肾功能不全等肾脏疾病时，肾脏对同型半胱氨酸的排泄功能下降，导致血液中同型半胱氨酸水平升高。据统计，约有30% - 50%的慢性肾功能不全患者会出现高同型半胱氨酸血症。甲状腺功能减退： 甲状腺功能减退患者体内甲状腺激素分泌不足，会影响同型半胱氨酸的代谢过程，使得同型半胱氨酸在体内堆积，进而引发高同型半胱氨酸血症。
药物因素相关
某些药物影响： 一些药物也可能导致高同型半胱氨酸血症。比如长期使用氨甲蝶呤等药物，氨甲蝶呤会干扰叶酸的代谢，从而影响同型半胱氨酸的正常代谢途径，导致血液中同型半胱氨酸水平升高。还有一些利尿剂，如呋塞米等，长期使用也可能对同型半胱氨酸的代谢产生不利影响。