真菌感染的用药需根据真菌种类、感染部位等因素决定，常见药物有抗真菌类药物，如用于浅部真菌感染的唑类药物等，深部真菌感染可能用到棘白菌素类等药物。
浅部皮肤真菌感染
浅部皮肤真菌感染常由皮肤癣菌等引起，可选用外用唑类药物，如酮康唑乳膏等，能抑制真菌细胞膜合成，发挥抗真菌作用。
深部真菌感染
深部真菌感染情况较复杂，若为侵袭性念珠菌感染，可能会用到棘白菌素类药物，如卡泊芬净，它能抑制真菌细胞壁合成。
系统性真菌感染
对于一些系统性真菌感染，两性霉素B也是常用药物之一，它可与真菌细胞膜上的固醇结合，改变膜通透性发挥抗真菌效应，但需注意其可能有较多不良反应。
特殊人群真菌感染
特殊人群如孕妇、儿童等真菌感染需谨慎用药。孕妇真菌感染应尽量避免使用对胎儿有影响的药物，可选择相对安全的外用抗真菌药物；儿童真菌感染要选用儿童适用的抗真菌药物，避免使用可能影响儿童生长发育的药物，且用药需在医生严格指导下进行。