肠结核的症状多样，常见的有腹痛，多为右下腹隐痛或钝痛，约有60%~80%的患者会出现这种情况；还有腹泻与便秘交替，溃疡型肠结核常表现为腹泻，每日排便数次，粪便呈糊状，不含黏液或脓血，而增生型肠结核多以便秘为主。
肠道症状表现
腹痛特点： 多数患者有右下腹疼痛，疼痛性质一般为隐痛或钝痛。有时在进食后会加重，这是因为进食会引起胃肠蠕动增加，或者因回盲部病变的刺激，导致疼痛。腹泻情况： 溃疡型肠结核较为典型的表现是腹泻，粪便多呈糊样，一般无脓血，每天排便数次不等。如果病变严重且范围广泛，腹泻次数会增多，甚至可达每日10余次。而增生型肠结核多以便秘为主要表现，这是由于增生型肠结核导致肠腔狭窄，肠内容物通过受阻。
全身症状表现
发热： 患者常出现低热，体温一般在37.5℃~38℃之间，午后发热较为常见，部分患者还可能伴有盗汗。这是因为结核分枝杆菌感染后，人体的免疫反应会引起发热等全身症状。消瘦、乏力： 由于结核分枝杆菌感染是一种慢性消耗性疾病，患者会出现消瘦、乏力等表现。体重会逐渐下降，身体变得虚弱，活动耐力也会降低。
腹部体征表现
腹部压痛： 右下腹常有固定的压痛部位，按压时会有疼痛感，这是因为病变主要累及回盲部，炎症刺激周围组织导致压痛。腹部肿块： 增生型肠结核可触及腹部肿块，质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。肿块多位于右下腹，是由于肠壁增厚和周围组织粘连形成的。