咖啡灌肠既有好处也有坏处。
好处方面：
一、咖啡灌肠可清洁肠道。通过利用咖啡液的酸性刺激肠壁，促进大肠蠕动，从而协助将废物排出干净，缩短废物在肠内的滞留时间，达到排出宿便解毒的效果。
二、咖啡因能促进谷胱甘肽酶的分泌，而该酶是肝脏解毒和消除自由基最为重要的酵素。同时咖啡所含的咖啡因及茶碱会扩张肠壁血管并缓和肠炎。
坏处方面：
1.咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能导致痔疮恶化，直肠有出血性伤口的人不适合，且体力不好、身体虚弱的人进行灌肠后可能因急速排便引起体内钠或钾等矿物质的平衡失调，进而引发贫血现象。
2.可能造成水电解质紊乱。
3.其所含的杀菌成份对大肠上部的有益菌不利，会导致肠道菌群失调，而肠道里面大量的微生物对于人体的消化吸收、抵抗外来病菌等诸多方面起着极为重要的作用。
4.可能会使有大肠憩室的病患症状恶化，还可能会伤害肠壁。
总之，咖啡灌肠有其特定的作用和影响，在考虑使用时需谨慎评估利弊及自身状况。