不明原因低烧可能由多种原因引起。一般来说，持续2周以上体温在37.3℃~38℃之间的情况属于不明原因低烧。
感染性因素导致
病毒感染： 像EB病毒感染，可引起持续低烧，还可能伴有乏力、咽痛等症状。另外，巨细胞病毒感染也会导致不明原因低烧，患者可能出现肝脾肿大等表现。细菌感染： 结核杆菌感染是常见的导致低烧的细菌因素，除了低烧，还可能有盗汗、咳嗽、消瘦等症状。布鲁氏菌感染也会引起低烧，多有接触牲畜等病史。
非感染性因素导致
自身免疫性疾病： 系统性红斑狼疮患者可能出现不明原因低烧，同时还会有关节疼痛、面部红斑等表现。类风湿关节炎也可能伴有低烧情况，常有关节肿胀、畸形等症状。恶性肿瘤： 某些血液系统肿瘤，如白血病，会出现低烧症状，还可能有贫血、出血、肝脾淋巴结肿大等表现。还有肾癌、肝癌等实体肿瘤，也可能以低烧为早期表现之一。内分泌代谢疾病： 甲状腺功能亢进患者，由于基础代谢率增高，会出现低烧情况，还常伴有心慌、多汗、多食易饥等症状。
其他因素导致
环境因素： 长时间处于高温环境中，可能会出现轻度体温升高，脱离高温环境后体温可逐渐恢复正常。还有剧烈运动后，体温也可能短暂轻度升高，一般休息后可缓解。药物因素： 有些药物可能引起药物热，导致低烧，比如抗生素、抗癫痫药等，在用药过程中出现低烧，需考虑药物热的可能。