尿分叉的原因不同，用药也不一样。如果是尿道炎引起的尿分叉，可使用抗生素治疗，比如左氧氟沙星等，一般需要规范用药1~2周左右，但具体用药需遵医嘱。
尿道炎导致的尿分叉用药
细菌性尿道炎：常用药物有左氧氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。不过，18岁以下人群一般不建议使用。非淋菌性尿道炎：常用阿奇霉素，它可以与细菌核糖体50S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成。孕妇及对大环内酯类药物过敏者需慎用。
前列腺炎引发的尿分叉用药
细菌性前列腺炎：一般会选用头孢类抗生素，像头孢克肟，它能破坏细菌细胞壁，达到杀菌效果。但对头孢菌素类药物过敏者禁用。无菌性前列腺炎：可能会用到α受体阻滞剂，如坦索罗辛，它能松弛前列腺平滑肌，改善排尿困难等症状。不过，严重肾功能不全者需谨慎使用。
包皮过长或包茎导致的尿分叉用药
单纯因包皮过长或包茎引起的尿分叉，药物治疗效果有限，通常需要进行包皮环切手术。但在手术前后，可能会根据情况使用碘伏等消毒剂进行局部消毒，预防感染。不过，碘伏对碘过敏者禁用。