无痛人流虽然相对轻松，但也存在一些危害。一般来说，无痛人流可能带来感染风险，有研究显示，术后发生感染的概率约为5% - 10%。
子宫损伤方面
子宫穿孔风险： 尽管无痛人流是在麻醉下进行，但仍有极小概率发生子宫穿孔，尤其是子宫位置异常或者多次人流史的女性更容易出现这种情况。宫腔粘连隐患： 手术过程中对子宫内膜的损伤可能导致宫腔粘连，一旦发生宫腔粘连，可能会引起月经量减少、闭经甚至不孕等问题，据统计，因无痛人流导致宫腔粘连的发生率约为1% - 2%。
内分泌紊乱影响
激素水平波动： 无痛人流会引起女性体内激素水平的急剧变化，比如孕激素、雌激素等的波动。这种波动可能会导致短期内月经失调，有的女性可能出现月经推迟或者提前，月经血量也可能发生改变。长期影响担忧： 长期来看，频繁的无痛人流可能会对内分泌系统造成更深远的影响，有研究发现，多次无痛人流的女性患内分泌相关疾病，如多囊卵巢综合征等的风险可能会有所增加。
心理方面危害
心理创伤可能： 无痛人流对女性的心理也可能造成伤害，部分女性会出现焦虑、抑郁等情绪问题。比如有调查发现，约10% - 15%的女性在无痛人流后会出现不同程度的心理抑郁状态，这种心理创伤可能会持续较长时间，影响生活质量。对后续生育心理影响： 而且，担心无痛人流会影响未来生育等问题，也会给女性带来心理负担，进一步加重心理压力。
再次怀孕风险
习惯性流产倾向： 无痛人流后再次怀孕，发生习惯性流产的风险会增加。有数据表明，经历过无痛人流的女性再次怀孕出现习惯性流产的概率比没有做过无痛人流的女性高2 - 3倍。早产风险提升： 另外，无痛人流后的女性再次妊娠时，发生早产的风险也可能升高，这是因为子宫受到过损伤，在再次孕育胎儿时，子宫的耐受性等方面可能出现问题。