咽喉肿痛时，可根据不同病因选择合适药物，一般来说，非处方药中常用的有含漱液、含片等。比如复方硼砂含漱液，能清洁口腔、杀菌消炎，缓解咽喉肿痛，通常一天含漱多次。
病毒感染导致的咽喉肿痛用药
病毒性咽炎：由病毒引起的咽喉肿痛，常用利巴韦林含片，它能抑制病毒核酸合成，发挥抗病毒作用，但儿童要慎用。病毒性喉炎：如果是病毒性喉炎引发的咽喉肿痛，可考虑使用干扰素喷雾，它能干扰病毒复制过程，不过孕妇使用需谨慎评估。
细菌感染导致的咽喉肿痛用药
细菌性扁桃体炎：当是细菌感染引起的扁桃体炎导致咽喉肿痛时，青霉素类药物如阿莫西林可能有效，不过对青霉素过敏者不能使用。急性咽炎伴细菌感染：对于急性咽炎伴细菌感染造成的咽喉肿痛，头孢菌素类药物如头孢拉定也可选用，但有头孢菌素过敏史的人禁用。
理化因素刺激导致的咽喉肿痛用药
粉尘刺激引起：如果是粉尘等理化因素刺激导致的咽喉肿痛，可使用金嗓子喉片，它能清咽利喉、消肿止痛。化学气体刺激：对于化学气体刺激引发的咽喉肿痛，西瓜霜含片有一定的缓解作用，不过糖尿病患者要注意，因为含片可能含糖分。
自身免疫性疾病导致的咽喉肿痛用药
类风湿关节炎相关咽喉肿痛：如果是自身免疫性疾病如类风湿关节炎相关的咽喉肿痛，可能会用到糖皮质激素如泼尼松，但长期使用泼尼松可能会有副作用，像骨质疏松等，需在医生严密监测下使用。系统性红斑狼疮相关咽喉肿痛：对于系统性红斑狼疮相关的咽喉肿痛，也可能会用到免疫抑制剂等药物来控制病情从而缓解咽喉肿痛，但免疫抑制剂有骨髓抑制等不良反应风险。