胎儿停止发育的原因有多种。据统计，约50% - 60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的，这是最常见的原因之一。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，比如多了一条染色体或者染色体某部分缺失等情况，使得胚胎无法正常发育，最终停止生长。父母染色体异常： 如果父母双方有一方的染色体存在平衡易位等异常情况，也可能遗传给胎儿，影响胎儿正常发育，增加胎儿停止发育的风险。
母体因素
内分泌失调： 比如黄体功能不全，女性体内的孕激素分泌不足，而孕激素对维持妊娠起着重要作用，它不足就可能导致胚胎着床不稳定，引发胎儿停止发育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺激素分泌过多或过少，都会干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病、高血压等疾病时，会影响胎盘的血液供应和营养物质的传输，从而影响胎儿的生长发育，增加胎儿停止发育的几率。像严重的糖尿病患者，高血糖环境不利于胎儿健康。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 例如子宫畸形，像双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间，使得胚胎难以正常生长，容易出现停止发育的情况。另外，子宫肌瘤如果生长在宫腔内，也会影响胚胎着床，阻碍胎儿正常发育。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或者过厚都不利于胚胎着床。比如多次人工流产导致子宫内膜受损变薄，胚胎就不容易着床稳固；子宫内膜炎等病变也会影响胚胎的种植和发育环境，增加胎儿停止发育风险。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血管内皮细胞，导致胎盘血管血栓形成，阻碍胎盘的血液供应，进而影响胎儿发育，引发胎儿停止发育。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫耐受不足，母体免疫系统将胎儿视为外来物进行攻击，也会导致胎儿停止发育。比如自然杀伤细胞活性过高等情况，就可能干扰胚胎正常发育。