难免流产通常是由多种因素导致的，其中胚胎因素是常见原因之一，约占50%~60%，比如胚胎染色体异常，包括数目异常和结构异常，染色体异常会影响胚胎正常发育，从而引发难免流产。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全较为常见，黄体分泌的孕酮不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的环境，大约有20%的难免流产与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰妊娠的正常进行，增加难免流产的风险。生殖器官异常： 子宫畸形是常见的情况，像双角子宫、纵隔子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和发育空间。据统计，约10%~15%的难免流产与子宫畸形有关。此外，子宫肌瘤也可能导致，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎生长。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，体内会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致流产。研究发现，约15%~20%的难免流产与自身免疫异常相关。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，从而引发难免流产。这种情况在反复流产的女性中较为常见。
外界因素：
环境因素： 过多接触某些有害物质，如过量的放射线照射，会对胚胎造成损伤，增加难免流产的发生几率。还有一些化学物质，像甲醛、苯等，长期接触也可能影响胚胎发育，导致难免流产。另外，孕妇过量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎产生毒害作用，增加流产风险。