慢性结肠炎的治疗药物需根据病情来选，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，起到抗炎作用，一般需要连续服用数周甚至数月。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，通过在肠道内分解为5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，通常需连续服用数周甚至数月。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸类药物，疗效与柳氮磺吡啶类似，作用机制同样是局部抗炎，可根据病情选择不同剂型，如缓释片等。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于糖皮质激素，当慢性结肠炎处于急性发作期，病情较重时可使用，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，如骨质疏松等。氢化可的松： 对于病情严重的慢性结肠炎患者，可通过静脉给药等方式使用，起到抗炎、免疫抑制等作用，但使用时要密切关注不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 用于一些病情反复、对氨基水杨酸制剂和糖皮质激素治疗效果不佳的慢性结肠炎患者，它能抑制免疫系统的异常反应，但起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，且使用期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用与硫唑嘌呤类似，也是通过调节免疫来发挥治疗慢性结肠炎的作用，使用时同样要注意药物的不良反应及定期复查相关指标。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 属于益生菌，可调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性结肠炎患者肠道菌群失调的情况有一定的改善作用，可长期服用来辅助治疗。枯草杆菌二联活菌颗粒： 能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，有助于维持肠道微生态稳定，对慢性结肠炎引起的肠道功能紊乱等有一定的缓解作用。