根据描述，大腿两侧起疙瘩并伴有疼痛，可能的原因有以下几点：
1.皮肤感染：如疖肿、痈等，可由细菌感染引起，疙瘩表面可能会出现红肿、疼痛，甚至发热等症状。
2.带状疱疹：由水痘-带状疱疹病毒感染引起，常表现为单侧分布的水疱，伴有疼痛。
3.股癣：好发于大腿内侧，与真菌感染有关，可出现红斑、丘疹、水疱等，伴有瘙痒或疼痛。
4.湿疹：病因复杂，可能与过敏、环境、感染等因素有关，可出现红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂等多形性皮疹，伴有瘙痒。
5.其他：如结节性红斑、脂膜炎、皮肤肿瘤等也可能出现类似症状。
由于可能的原因较多，且部分情况可能比较严重，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、皮肤镜检等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意保持皮肤清洁，避免搔抓、摩擦，避免食用辛辣、刺激性食物。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。