三个月的婴儿发烧39.5°C，可采取以下方式退烧：
1.物理降温：用温水擦拭手心、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴。注意保持室内温度适宜，避免给孩子穿过多衣物。
2.药物治疗：可在医生的指导下使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。按照药品说明书的剂量和使用方法服用，不要自行增加剂量。
3.补充水分：发烧会导致孩子体内水分流失，要及时补充水分，可以喂适量的温水或母乳。
4.观察病情：密切观察孩子的体温变化、精神状态、呼吸情况等。如果孩子体温持续不降、精神萎靡、呼吸急促等，应及时就医。
5.就医检查：导致婴儿发烧的原因很多，如感染、免疫系统问题等。需要及时就医，进行相关检查，明确病因，以便针对性治疗。
需要注意的是，不要给三个月以下的婴儿使用酒精擦浴，因为可能会导致婴儿酒精中毒。同时，如果孩子发烧持续时间较长或出现其他异常症状，应及时就医，以免延误病情。在给孩子使用退烧药时，要严格按照医生的建议，不要随意增减剂量。如果对孩子的病情有任何疑虑，应及时与医生沟通。