月经量少发黑且持续时间长可能由多种原因引起。一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如多囊卵巢综合征，约有50% - 70%的多囊卵巢综合征患者会出现月经异常，其中就包括月经量少、发黑且经期延长的情况；另外，子宫内膜损伤也可能导致这种状况，像人工流产术后，子宫内膜受损变薄，可能会出现月经量减少，经血在宫腔内停留时间较长就会发黑，而且经期可能延长。
内分泌失调因素
多囊卵巢综合征： 这是一种常见的妇科内分泌疾病，除了月经量少、发黑且持续时间长外，还常伴有多毛、痤疮、肥胖等表现。患者体内激素失衡，雄激素水平偏高，影响了卵巢的正常排卵功能，进而导致月经紊乱。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的激素对月经周期有调节作用。如果甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢，从而影响月经，可能出现月经量少、颜色发黑且经期延长的情况。一般通过检测甲状腺功能指标来判断，如促甲状腺激素（TSH）等。
子宫内膜相关因素
子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，会影响子宫内膜的正常修复和脱落。患者除了月经量少、发黑、经期延长外，还可能伴有下腹部疼痛、白带增多等症状。子宫内膜炎多由细菌感染引起，如产后、流产后感染等。宫腔粘连： 多因宫腔操作（如多次人工流产）导致子宫内膜基底层受损，引起宫腔部分或完全粘连。患者月经量明显减少，甚至闭经，经血排出不畅就会发黑，经期也会延长。通过宫腔镜检查可以明确诊断宫腔粘连的情况。
其他因素
过度节食： 有些女性为了减肥过度节食，导致机体营养不良，影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而出现月经异常。一般来说，体脂过低会影响雌激素的合成，进而影响月经，可能出现月经量少、发黑且经期紊乱。精神压力过大： 长期精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪会影响神经内分泌功能，导致月经失调。比如长期处于高压工作状态的女性，就容易出现月经量少、发黑且经期延长的情况，因为精神压力会干扰下丘脑分泌促性腺激素释放激素，影响垂体分泌促性腺激素，最终影响卵巢功能。