大便不净可能由多种原因引起，比如肠道炎症性疾病，像溃疡性结肠炎，据统计，这类患者中约有一定比例会出现大便不净的感觉；还有肠易激综合征，也常导致大便不净的情况。
肠道炎症性疾病导致
肠炎： 细菌、病毒等感染肠道引发炎症，会使肠道黏膜受到刺激，影响肠道正常的消化和吸收功能，从而出现大便不净，还可能伴有腹痛、腹泻等症状。比如细菌性肠炎，由大肠杆菌等细菌感染引起，就容易让患者感觉大便排不净。结肠炎： 除了溃疡性结肠炎，还有克罗恩病等结肠炎类型，也会造成肠道功能紊乱，出现大便不净现象。像克罗恩病会累及肠道全层，导致肠道蠕动异常，引发大便不净。
肛肠疾病引发
痔疮： 当痔疮较为严重时，会刺激肛门周围，导致患者总有便意，感觉大便不净。尤其是内痔，增大到一定程度时，会影响肛门的正常排便感觉。直肠息肉： 直肠内的息肉会刺激直肠黏膜，引起直肠的不适感，让人觉得大便排不净，还可能伴有便血等症状。比如腺瘤性直肠息肉，就有引发大便不净的可能。
肠道寄生虫感染
蛔虫感染： 肠道内蛔虫寄生，会干扰肠道的正常蠕动和消化，导致大便不净。蛔虫在肠道内活动会刺激肠道黏膜，引起肠道功能紊乱。绦虫感染： 绦虫在肠道内寄生，也会影响肠道的正常排便，造成大便不净的情况。绦虫会附着在肠道壁上，影响肠道的正常消化吸收。
其他因素影响
饮食因素： 长期食用过多辛辣、油腻、刺激性食物，会刺激肠道，导致肠道功能失调，出现大便不净。比如连续一周每天都吃大量辛辣火锅，就可能引发大便不净。精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力过大等，会影响植物神经功能，进而影响肠道的蠕动和消化功能，导致大便不净。像长期处于高强度工作压力下的人群，就容易出现这种情况。