中耳炎的治疗药物需根据病情来选，一般急性中耳炎常用抗生素类药物，比如青霉素类药物，像阿莫西林，不过约10%的人对青霉素过敏，使用前需做皮试。如果是细菌感染引发的中耳炎，抗生素是关键，像头孢类抗生素也常被使用，不过对头孢过敏者不能用。
抗生素类药物
青霉素类： 阿莫西林是常见的青霉素类药物，对多种细菌有抑制作用，能缓解中耳炎的炎症，但有10%左右的人会对青霉素过敏，使用前要做皮试。头孢类： 头孢呋辛等头孢类抗生素也是治疗中耳炎常用药，不过对头孢过敏的人不能使用。
糖皮质激素类药物
局部用糖皮质激素： 如泼尼松龙滴耳液，可减轻中耳的炎症反应，缓解疼痛等症状，但使用时要注意按照正确方法滴耳。全身用糖皮质激素： 对于病情较重的中耳炎患者，可能会短期使用如泼尼松等全身用糖皮质激素，不过要注意可能会有一些副作用，比如长期使用可能影响代谢等，但短期使用在医生评估下是安全的。
黏液促排剂
标准桃金娘油： 可以促进中耳部位黏液的排出，改善中耳的通气引流，有助于中耳炎的恢复，一般成人可以服用，儿童用药需在医生指导下调整剂量。