急性扁桃体发炎通常由细菌或病毒感染引起，治疗药物需根据病因选择。一般来说，细菌感染导致的急性扁桃体发炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，一般用药后数天内症状会有所缓解。
细菌感染引发时的常用药
青霉素类药物：如果是A组乙型溶血性链球菌感染引起的急性扁桃体发炎，青霉素是首选药物。比如阿莫西林，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过，对青霉素过敏的人不能使用这类药物。头孢菌素类药物：如果患者对青霉素过敏，可以选用头孢菌素类药物，像头孢拉定等。这类药物通过干扰细菌细胞壁的合成来达到抗菌效果，抗菌谱较广。
病毒感染引发时的处理
抗病毒药物：如果是病毒感染导致的急性扁桃体发炎，如EB病毒等引起的，目前没有特效的抗病毒药物，主要是对症治疗。但像更昔洛韦等抗病毒药物在特定病毒感染严重时可能会用到，但一般不首选。对症缓解药物：如果有发热症状，体温超过38.5℃时，可以使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素的合成发挥解热镇痛作用。
局部用药辅助
含漱液：可以使用复方硼砂含漱液等，这类含漱液能清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体局部的炎症反应，缓解疼痛等不适症状。一般每天含漱数次。含片：比如度米芬含片等，含片可以直接作用于扁桃体局部，起到杀菌、消肿、止痛的作用，患者可以含服来缓解咽部不适。
特殊人群用药注意
儿童患者：儿童使用药物时需格外谨慎，比如使用青霉素类药物前要严格做皮试。如果是病毒感染引起的儿童急性扁桃体发炎，使用退热等对症药物时，要根据儿童的体重等调整剂量，避免用药过量。老年患者：老年人体质相对较弱，肝肾功能可能有所减退，使用药物时要密切关注药物的不良反应。比如使用抗生素时，要注意观察是否有腹泻等肠道反应，必要时调整用药方案。