新生儿囟门小的原因主要有自然分娩婴儿以及存在小头畸形等情况。且因每个孩子体质各异，囟门大小会有差别，通常来说，新生儿囟门小一般无显著不良影响。
一、自然分娩婴儿：这可能是由于在分娩过程中头颅受到挤压而塑形，初生婴儿前囟的大小与头颅塑形程度有关联。随着数月后头颅塑形的恢复，会有“变大”的趋势，之后再逐步变小并闭合。通常不会引发不良后果。
二、存在小头畸形：因其他因素致使大脑发育欠佳，进而导致头颅狭小，所以出生时可能出现头颅小且囟门也较小的状况。对于小头畸形的治疗方法就是手术。
总之，新生儿囟门小不一定代表有问题。如果孩子囟门偏小，家长需协助孩子密切监测头围的发育情况，定期进行体检，只要孩子头围处于正常范围，通常都是正常的。要注意尽可能避免过多补充钙质，以防促进囟门过早闭合。
总结：新生儿囟门小的原因包括自然分娩和小头畸形等，一般影响不大，家长要注意监测头围发育，避免过度补钙。