男性生殖系统畸形是常见疾病，主要涵盖阴茎畸形、前列腺及睾丸畸形、输精管畸形等。其原因包括：
一、先天性畸形。多数生殖器畸形属先天性，这是由于胚胎发育过程异常所致。在胚胎发育时，若接触有毒有害射线或自身染色体出现变异，都可能引发生殖器畸形。比如，一些有害射线可能干扰正常的胚胎细胞分裂和发育，导致生殖器的结构异常；而染色体变异会使相关基因表达异常，从而影响生殖器的形成和发育。
二、外伤导致。某些男性生殖器官遭遇暴力外伤后会形成阴茎睾丸永久性畸形。例如在意外中生殖器部位受高温、锐器伤害或遭突然外力击打，导致生殖器官严重受损。这种情况下的畸形可通过整形方式弥补，但受伤严重时会导致部分男性功能缺失。
男性生殖系统畸形的治疗方法如下：
一、生活方面。若畸形程度不严重，可考虑一般性治疗，即多喝水，保持饮食均衡，不吸烟喝酒，不吃辛辣油腻食物，注重个人卫生等，这样有可能使畸形逐渐恢复。
二、手术方面。若畸形程度严重，则应以手术治疗为主，通过药物治疗通常无明显效果。像睾丸畸形最好在儿童时期手术，包茎和包皮过长则需进行包皮环切手术。
总之，男性生殖系统畸形需要根据具体情况选择合适的治疗方法，以改善症状和恢复功能。